Identificación de tipos y subtipos del virus de influenza y su co-infección con patógenos asociados a enfermedades respiratorias mediante resecuenciación con microarreglos

Willis Rodríguez, Carlos Antonio (2013) Identificación de tipos y subtipos del virus de influenza y su co-infección con patógenos asociados a enfermedades respiratorias mediante resecuenciación con microarreglos. Maestría thesis, Universidad Autónoma de Nuevo León.

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Resumen

El virus de la influenza A sufre constantes mutaciones que introducen nuevas variables génicas capaces de provocar brotes epidémicos o pandemias ocasionando un problema de salud pública. La vigilancia del virus de la influenza es fundamental para la mejora del manejo de la enfermedad y es especialmente importante para la detección temprana que permita identificar rápidamente la propagación de brotes, detección de nuevas variantes del virus de la influenza, o emergencia de nuevos patrones de resistencia. Debido a lo anterior, el objetivo de esta tesis es determinar la presencia de diferentes tipos y subtipos del virus de la influenza AH1N1 así como co-infecciones con patógenos asociados a enfermedades respiratorias para contribuir a la vigilancia sobre epidemiología molecular del virus influenza AH1N1 en la República Mexicana. Para ello, en esta investigación se detectaron e identificaron de forma simultánea y efectiva los diferentes tipos y subtipos de influenza así como su co-infección con otros patógenos asociados a enfermedades respiratorias en muestras provenientes de los estados de Nuevo León y Oaxaca, México, usando el ensayo de microarreglos basado en la resecuenciación (RMP-Flu-3.1). La metodología consistió en la extracción de los ácidos nucléicos totales de las muestras colectadas y la transcripción inversa para convertir los RNAs virales a DNAcs. Posteriormente, los DNAcs, se amplificaron por medio de PCR multiplex, se fragmentaron, se marcaron con biotina y se hibridaron en el microarreglo RPM-Flu 3.1, el cual fue lavado, fijado y escaneado para el análisis de las secuencias nucleotídicas identificadas. Los resultados de las secuencias nucleotídicas obtenidas con el microarreglo RPM-Flu 3.1 detectaron 70 muestras positivas para influenza AH1N1 pandémica, dos para influenza AH1N1 estacional, tres para influenza AH3N2 estacional y tres para influenza B, siendo el subtipo de influenza AH1N1 pandémica el mayormente identificado tanto en las poblaciones de Nuevo León como en Oaxaca, México. Así mismo, se determino la infección simultanea de patógenos asociados a enfermedades respiratorias con el virus de influenza AH1N1 pandémica identificando a las bacterias del genero Streptococcus, Haemophilus, Pseudomonas, Neisseria, Staphylococcus, Klebsiella y Moraxella y a los virus Rinovirus, Coronavirus y Coxackie siendo el estado de Oaxaca, Mexico el que presento en las muestras una mayor proporción de co-infeccion. Los generos bacterianos que presentaron mayor asociación con el virus de influenza AH1N1 pandémica fueron Streptococcus, Haemophilus, Pseudomonas y Neisseria. Se encontró una correlación positiva entre el virus de influenza AH1N1 pandémica y la bacteria Neisseria meningitidis y correlación negativa entre el virus de influenza AH1N1 pandémica y Moraxella, Rinovirus y Parainfluenza. Los resultados obtenidos en esta investigación abren la posibilidad de detectar la aparición de nuevos re-arreglos específicos al gen de matriz, neuraminidasa y hemaglutinina del virus de influenza AH1N1 pandémica en pacientes de los estados de Nuevo León y Oaxaca, México. También permitirán determinar los patógenos asociados a los virus de influenza B, AH3N2 estacional y AH1N1 estacional en un mayor número de casos.

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